تعیین ویژگی‌های ژنوم کامل یک جدایه ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) از ایران

ویروس‌های کوتولگی زرد جو یکی از مهمترین ویروس‌های غلات در دنیا می باشند. بررسی‌های انجام‌شده بیانگر پراکنش ویروس‌های کوتولگی زرد جو (Barley yellow dwarf virus, BYDV) و غلات (Cereal yellow dwarf virus, CYDV) در کشور و غالب بودن BYDV-PAV می‌باشد. به منظور تعیین ترادف کامل ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) در ایران، جدایه‌ای از منطقه اسفندقه از استان کرمان که دارای علائم شدید آلودگی به ویروس مذکور بود انتخاب شد. استخراج آر. ان. ای کل از بافت گیاهی آلوده به ویروس با استفاده از کیت TM RNX (-plus) (شرکت سیناژن) انجام شد. کل ژنوم ویروس با استفاده از نه جفت آغازگر اختصاصی PAV با روش RT-PCR تکثیر شد. قطعه‌های تکثیرشده با استفاده از InsT/AClone PCR Product Cloning Kit (Fermentas) در پلاسمید PTZ57R/T وارد و در سویه  DH5αباکتری Escherichia coliهمسانه‌سازی شد. آنالیز ترادف نوکلئوتیدی کامل نشان داد که جدایه کرمان ویروس کوتولگی زرد جو (KP771878) با 94% در صد تشابه با جدایه‌های AF235167 (از ایلی نویز آمریکا) و EF043235 (جدایه کانزاس از آمریکا) در یک گروه قرار می‌گیرند در حالیکه در صد تشابه این جدایه با سایر جدایه‌های موجود در بانک ژن کمتر از 90% می‌باشد و کمترین در صد تشابه آن با جدایه AY855920 از چین (78%) است. نتایج حاصل از مقایسه ترادف‌ها در سطح هر یک از ژن‌ها نیز، وجود تنوع زیاد در بین جدایه‌های این ویروس و همچنین احتمال نوترکیبی ژن‌ها را تایید می‌نماید. به طوری که ORF4 حفاظت‌شده‌ترین و ORF6 متغیرترین ناحیه در ژنوم این ویروس است.